1962年本校由已故國會員魏亞貴先生創辦於沙巴州, 山打根北路七公里金鳳市旁, 佔地10.38英畝, 當時是一間收容落第生的私立學府, 由魏氏獨資經營, 後來因國家教育政策的演變. 國內有許多原來\是華校的學府因接受政府的津貼而自愿改制為國民中學, 放棄了保護華文教育的權力及權務. 使育源中學在主, 客觀因素牽動之下, 于1977年, 魏氏將育中改 制為華文獨立中學, 以維護華文教育及培育人才為辦學方針, 並公開予山打根社會賢達, 熱心華教人士籌組董事會, 齊心協力共謀發展.
1978年育源中學正式改制為華文獨立中學, 魏氏家族廣邀賢達, 重組董事會, 成立第一屆董事會, 董事長: 拿督魏德來, 副董事長: 拿督丘陶春, 監學: 拿督李庚友, 財政: 黃仲敏, 董事: 何天爵, 邢福璋, 關湯明, 雷澤燾, 賴福金, 呂尚桂. 至1977年, 育中學生僅有122人, 而在1978年改制為獨立中學, 當年初一便開設5班, 學生187人, 另高一繼續開班, 收容初中會考落第生, 全校學生達512人, 教職員工有23人.
1979年的3月31日, 假山打根育源中學舉行的沙巴獨中董事會聯合會會議, 並於是晚在福臨門大酒樓舉行第一屆委員就職典禮, 為沙巴9間獨中聯結為一體. 1979年的學生人數據增, 達到834人, 教職員工人數33人. 同年, 本校監學會督李庚友逝世, 董事會推選關湯明先生擔任. 該年學校大力提昇教學設備. 董事會撥款5000零吉增添實驗室器材, 又撥款3000零吉充作體育器材, 董事會並成立委員會, 籌建永久性教學大樓, 於8月19日配合校慶舉行徒步競賽及各項義賣義剪活動.
1980年, 董事會改選, 第二屆董事會組織為董事長拿督魏德來, 副董事長拿督丘陶春, 監學: 關湯明, 財政: 黃仲敏, 副財政: 拿督郭昭榮, 秘書: 朱應祺, 董事: 李貴友, 魏德榮, 雷澤燾, 王葆嘉, 邢福璋. 當年學生人數有853人, 教職員人數33人, 因學校發展迅速, 費用開支頗大, 董事會議決調整學費為高中43零吉, 初中33零吉.
1980年為本校改制為華文獨立中學後第一次參加初中獨中統一考試. 而同時也有部份學繼續參加MCE及GCE, 並考獲優異成績. 在課外活動方面, 學生參加根區中學籃球, 游泳, 演講等比賽都獲得冠軍, 頗令華社贊賞. 老師們的辛勞教導更令董事會欣賞, 因此通過發給全體老師半個月的獎勵金, 以表揚老師們為學校的付出. 興建教學大樓的填土工程於7月完成, 緊接著進行打樁, 並擬予2年完工的教學大樓正式開始興建.
1981年2月, 學校舉行第二次徒步賽, 繼續為興建的教學大樓籌募款項. 同時, 也著手規劃校園. 在操場的側旁, 建二座水泥地的標準室外籃球場, 以及沿著教學大樓的地面擴建一條45尺寬的水泥咯.
12月, 董事會通過成立山打根區第一支中學軍銅樂隊, 並於年底假期舉行培訓營. 董事會也在最后的一次會議中通過全面性調高教職員薪金及再次調整學雜費為高中48零吉及初中38零吉.
1982年1月, 由張桂岩校長填詞, 吳靜嵐副校長譜曲的育中校歌正式誕生. 同時, 也由董事會通過以“誠、樸、恆、毅”作為本校校訓. 8月20日, 綜合教學大樓正式落成啟用. 並邀請拿督葉伯良主持開幕. 並聯合贊助嘉賓舉行剪彩儀式.
綜合教學大樓的落成, 象徵著本校進入一個新的發展, 設備更加完善. 其中有4間科學實驗室, 圖書室, 視聽室及12間普通課室. 同日, 本校軍銅樂隊正式成立, 校慶當天在運動場上由董事長拿督魏德來主持, 授旗及授棒典禮.
12月, 董事會改選, 原本在1981年底改選的董事會因籌建綜合教學大樓而延後一年. 經改選後,董事長: 拿督魏德來, 副董事長: 拿督丘陶春, 監學: 朱庄祺, 財政: 黃仲敏, 副財政: 拿督郭昭榮, 秘書: 李錦興, 董事: 雷澤燾, 拿督王葆嘉, 何汝深, 龍鵬海, 譚衛方, 在改選後的會議並通過成立優秀生獎勵金小組, 由監學朱應祺擔任小組主任. 另一項通過的議案為籌組山打根區華小發展委員會.
1983年1月, 監學朱應祺即物色人選著手組織優秀生獎學金小組, 副主席: 吳國賢, 財政: 張漢威, 秘書: 吳靜嵐, 組員: 賴偉明, 鄭國權, 丘家綿及校友會代表一人. 83年本校學生人數達至883人, 教職員工41位, 校長在經過校務會議研討後, 正式呈予董事會通過凡育中學生初三務必參加獨中初中統考及SRP. 而高三則參加獨中高中統考及SPM. 5月, 財政黃仲敏先生因健康理由辭去董事一職, 其財政空缺則由譚衛方擔任. 10月, 董事會通過凡本校教師服務滿一年享有獎勵金一個月之薪金, 並通過薪金在600元以下加薪10巴仙, 而薪金601在1500元加薪金4巴仙.1984年新學年始, 學生人數高達911人, 教職員工44人, 去年底參加各項的校外考試成績斐然. 本校電腦設備 在綜合教學大樓內, 挪出2間課室, 改裝為電腦室, 內有18部電腦, 而以學會活動方式教導學生操作電腦. 這項措施為根區中學首開先河, 推動資訊工藝的里程碑. 購買電腦的一切費用皆由家長自願募捐, 共籌獲RM65,262. 本校學生參加校外比賽獲得優異成績, 不謹在根區華語演講比賽中榮獲總冠軍. 全州獨中三語演講比也榮獲高初組總冠軍, 甚至全國獨中三語演講比賽中高中統獨得亞軍, 初中組獲得季軍的輝煌成績.
1985年學校再次調整學費為高中65零吉, 初中50零吉. 新春佳節, 本校校友會再次發動麒麟團, 由財政譚衛方擔任主席, 朱應祺董事, 李錦興董事, 張桂岩校長, 校友會主席周國忠以及校友會理事的組織下, 向各界拜年, 共獲得紅包RM41,016. 校外考試成績標青, SRP考試及格率達到65.07%, 為根區中學之冠, SPM也考獲60.42%僅次於雙修中學. 而統考成績初中組72.1%及高中組82.1%. 再創育中校外考試之佳績. 同年, 董事會修改章程, 以增加董事會人數, 並吸引專業及熱心教育之人士投入育中發展.
1986年1月, 董事長拿督魏德來因健康欠佳, 暫時交由副董事長拿督丘陶春主持. 由於學校常年經費不敷之數高達30萬元, 董事會議決通過調整學費為初中60零吉, 高中70零吉, 同時, 校友會再次發揮母校之精神, 舉行大型義賣, 為學校籌募常年經費. 1986年11月, 本校董事長拿督魏德來病逝, 並於14日假育中舉行公祭, 董教員生協辦喪事, 屆時超過50個社團參加公祭, 極盡哀榮.
1987年, 董事會依據修改後的章程, 擴大董事會人選, 邀請校友會, 中華商會, 華人同鄉總會代表各1人及魏氏家族代表2人加入董事會, 第五屆董事會組織為董事長: 拿督魏德榮, 副董事長: 拿督丘陶春, 監學: 李錦興, 財政: 廖華芳, 副財政: 拿督許贊力, 秘書: 朱應祺, 董事: 拿督王葆嘉. 拿督郭昭榮, 雷澤燾, 魏友道, 房新強. 同時, 配合創校25周年, 校方舉辦一連串慶典活動, 熱鬧非凡. 同時也配合校慶, 發行全州性彩票, 籌募建築基金, 至9月10日記載, 彩票共認銷135,871張.
1988年, 本校學生略減, 人數有710人, 教職員44位.
10月, 本校舉辦由南洋商報主辦, 皇帽啤酒廠贊助的“十大歌星巡迴演唱會”, 共籌獲11萬3仟零吉.
11月, 為本校服務了1 1年的張桂岩校長因隨孩子移居美國, 正式向學校請辭. 經董事會討論, 體諒張校長的處境下接受請辭, 校長一職由副校長吳靜嵐升任. 而副校長一職則由洪彩博老師擔任.
1989年, 本校學生人數651人, 教職員工44位.
第六屆董事會成員為董事長拿督丘陶春, 副董事: 拿督譚志男, 監學: 朱應祺, 秘書: 李錦興, 財政: 廖華芳, 副財政: 雷澤燾, 董事: 拿督王葆嘉, 拿督郭昭榮, 魏德雄, 魏友道, 李廷霖, 鄭金山. 董事會並一致通過委任拿督魏德榮為本校永久名譽董事長, 為本校之最崇高榮譽. 除此, 董事會亦通過委任朱應祺監學組成教育小組, 遴聘熱心華教及學有專長者擔任委員. 6月, 教育小組正式成立, 組員有李錦興董事, 洪彩華, 吳國賢及吳靜嵐校長. 小組的管理範圍包括(1)招生(2)課程(3)教學(4)學生獎懲(5)學校環境五項. 12月, 育中再次舉辦十大歌星義演, 共籌獲RM 131,000.
1990年, 學生人數607名, 教職員工42位. 學校為了配合教育部推行的KBSM課程, 學校將課程的安排也作了一番調整. 同年, 學校獲得譚業成州議員基金, 捐建一間价值RM 25,000的生活技能室, 而董事會另撥出RM 12,000充作增添教材費用.
1991年, 學生人數576人, 教職員工41人. 本校高中統考取得90.89巴仙的標青成績, 初中統考也獲得84.04%的及格率, 而SRP的及格率亦高達88巴仙, 為根區中學之冠. 同年, 監學朱應祺及李錦興董事二人建議學校開設LCCI商業專科班, 為期二年. 經董事會議決通過成立並授權由朱, 李二人及校長著手策划. 原在今年初擔任董事長的拿督丘陶春, 因私務繁忙, 並常在國外, 正式辭御董事長一職. 其空缺則由副董事長拿督譚志男出任.
1992年, 本校電腦課程正式列為正課. 初一至初三年級安排每星期2節. 同年3月, 董事部獲殷商陳錫全先生的大力贊助馬幣十萬, 作為開設LCCI商業專科班費用. 監學朱應祺及秘書李錦興二人受委成立商業專科班管理小組. 小組可委任不超過5位專業人士共同商討課程安排等工作. 9月, 中學部資深商科教員Mr. George正式聘請為商科班主任, 並向本埠及拿篤埠中學正式招生. 在教學大樓挪出4間課室, 暫時作為辦公室, 打字室以及普通課室. 12月, 商科班招收67位學生, 並在12月4日正式開課. 11月, 吳靜嵐校長正式請辭, 校方聘請馮國超為育中第四任校長.
1993年, 新屆董事會正式成立, 董事長: 拿督譚志男, 副董事長: 魏德雄, 秘書: 李錦興醫生, 監學: 朱應祺醫生, 財政: 拿督丘克海, 副財政: 劉乾祥, 董事: 周偉怀, 彭永茂, 鄭金山, 陳華康, 譚業成, 高建祠, 拿督郭昭榮, 賴麟趾, 拿督王葆嘉. 董事會成立3個小組, 為教育小組, 獎助學金小組及學校建築小組.
校方重新規划課程, 強調課外活動. 上課時間作出大幅度的調整. 見於舊食堂座位不夠, 設備簡陋, 在獲得山打根北區扶輪社, 國會議員賴麟趾大律師及董事長拿督譚志男的贊助下, 共建築一座可容納300個座位的新食堂. 同年7月, 育中成立華樂團. 學校配合校慶, 舉辦大型義賣會, 即籌得的款項充作為美化校園及教職員福利基金. 教育小組建議”華小, 華幼教職員子女就讀本校享有學費半免之優待”. 獲得董事會通過, 於下學年度實行.
1994年, 董事會通過委任拿督譚業成為學校建築委員會主席. 策划興建一座綜合大禮堂. 同年11月, 禮堂舉行動土禮, 並在YB拿督譚業成的協助下獲得聯邦撥款60萬零吉. 12月, 董事會通過接納教育小組提呈之”育中教職員薪金及福利”方案, 對育中全體教職員更具有保障.
學校為了提升理科班的程度, 鼓勵同學就讀理科, 全面性改善科學實驗室, 並大量添量實驗器材及設備. 同時, 學校也通過加強SPM國文學習措施, 鼓勵並資助國文教師參加訓練課程. 高二及高三年級學生在放學後接受額外的3個小時國文課程.
同年, 董事會邀請國際紅歌星葉麗儀小姐為本校籌募教育基金舉辦演唱會, 反應熱烈.
1995年, 禮堂正式交由ARKITEK EDP SDN. BHD.負責設計. 同年7月正式招標, 由鄧兄弟建築工程以RM1,693,793.50得標, 工程為期52個星期.
同年, 學校獲得校友會以”回饋母校, 發展母校”為號召承接美化校園工程.
1996年, 學校正式調整學費為初中80零吉, 高中90零吉, 全年徵收11個月. 由於教育部正式開放小六直升初一措施, 本校將調整初三參加PMR, 而SPM仍然放在高三進行. 同年, 學校調整上課時間, 每星期上課時間延長80分鍾.
校友會推動第二期校園美化工程, 為母校籌建一座校友亭. 7月, 山打根俱樂部囍慶樓酒家舉辦”96育中籌募教育基金聯歡晚宴”捐出32席, 恭請本州首席部長拿督楊德利為特別嘉賓, 並見証山打根市議會簽署一塊12000平方尺空地予本校作為發展用途的備忘錄儀式.
同年, 由於商業專科班的開設獲得社會認同, 陳錫全及房敬文兩位先生慷慨捐建一棟四層樓高的教學大樓, 作為商科班永久校舍, 該大樓亦命名為”文全樓”, 以資紀念.
1997年是育中硬體發展最快的一年, 同時興建2座建築物. 本埠華社對董事會的魄力及積極態度都給予高度的贊賞和支持. 而在校方方面, 學生人數激增, 全校人數為900餘人, 教職員工47人. 校外考試亦獲得優異表現.
1998年, 學校參加校外考試, 獲得標青成績, 尤其SPM考試, 獲得84.09巴仙的及格率為根區中學之冠, 比全國及格率70.6%及全州及格率67%為高.
今年開始, 高中班級裝置冷氣.
同年5月, 禮堂及文全樓工程完峻, 並予啟用.
學校行政電腦化作業開始推行. 全體教職員接受電腦操作訓練, 全校考試試題務必用電腦出題.
1999年1月9日早上9時正, 文全樓舉行落成開幕典禮, 恭請陳錫全及房敬文先生聯合主持. 文全樓為商業專科班永久性教學大樓. 樓高四層, 底層為辦公室及圖書室. 第一及二層樓共有8間普通課室, 而最高一層分別為電腦室及講堂.
同日晚上7時, 育中綜合大禮堂舉行開幕儀式恭請副首席部長YB拿督譚業成主持. 聯歡晚會開設123席, 為禮堂籌募80餘萬建築經費, 創下了本校籌募經費最多的一次. 禮堂內設郭鴻欽堂, 賴金來先生籃球場, 拿督佘智瑞會議室, 拿汀陳懿閨銅樂室及陳自勉先生舞蹈室. 禮堂內並裝置冷氣, 為本埠提供一個寬敝舒適的宴會場所, 同時也為學校增加一項收入.
商科班主任Mr. George於98年榮休返回印度, 暫時由黃燕芳老師為代主任至7月. 商業專科班管理小組聘請雙修中學退休校長巫華令先生出任商科班主任一職.
2000年, 本校於去年參加校外考試中, PMR及格率高達93.75%, 初中統考及格率高達92.3%, 高中統考則90.94%, 而SPM也考獲高達94.8%.
學校今年在多項校外比賽獲得優異的表現. 全國獨中三語演講比賽初中組榮獲冠軍, 而高中組亦獲得季軍, 而書藝比賽也獲得全國初中組優勝獎. 除此, 在籃球及排球方面也有很好的成績.
2001年, 新屆董事會成立, 董事長: 劉恭豪, 署理董事長: 李錦興, 副董事長: 魏德雄及拿督劉瑞發局紳, 秘書: 劉乾祥, 監學: 朱應祺, 財政: 丘玉仰, 副財政: 黃植聲, 董事: 拿督丘克海, 拿督周偉怀, 張翠芳, 謝鶴議, 區慶璋, 魏友道, 郭紹豪, 拿督林添成局紳, 羅廣賢, 區錦華, 溫國華, 潘樹森.
正月, 配合農曆新年, 董事會發起籌款活動, 為學校籌募常年經費, 在全體董事以身作則及積極奔波下, 籌獲60餘萬零吉.
董事會加強老師們的再職進修, 鼓勵老師們參加培訓課程, 計有4位英語教師參加TESL課程, 5位老師參加新紀元開設的教育專業文憑課程, 4位國文老師修讀大學遠距課程, 共佔了全校40%的老師參與各項長期進修課, 對學校走向素質教育作了最好的基礎.
2015年, 學校人數達一千多人, 教職員工65位, 校外考試創下歷年來的佳績.
經歷53年的育源獨立中學, 從一所收容第生的私立學府到維護民族教育的華文獨立中學, 順應時代的潮流, 社會的變遷, 不斷的求新更新, 我們對將來的發展, 將以前瞻課程懷抱 “一百年的傳統, 世紀的榮耀”堂堂邁入育源校史另一個世紀, 迎向全新而充滿希望的廿一世紀.